本アライアンスは、運営について審議等を行うアライアンス総会、機構及び会員が研究情報の提供及び交換を行うアライアンス会議、競争領域及び事業連携領域によって構成され、アライアンス会長が統括いたします。アライアンス会長は、本アライアンスの活動及び運営に関し、最終的な決定権を有します。
アライアンス会長は、高崎研所長です。
本アライアンスの構成員は、企業様及び大学教員、QSTの研究員です。
本アライアンスの事務局は、量子技術基盤研究部門研究企画部（高崎研駐在）が行います。