JT-60SAプラズマを閉じ込める真空容器は、二重壁構造となっており、50℃で運転するように設計されています。6月12日と13日の2日にわたり同容器の二重壁間に高温窒素ガスを循環させ50℃まで温まりました。
6月3日から、超伝導コイルと関連設備の冷却に使うヘリウムガスを室温で循環させ不純物を除去しました。6月13日までに、コイル出口で露点は-70℃未満となり、不純物である窒素の含有量は7 ppm未満のレベルまで到達しました。
JT-60SA超伝導コイルの冷却は、6月14日に開始してから着実に進んでいます。冷却用のヘリウムガスの供給は、超伝導コイル系統での熱除去率を最大にしつつ、均等に冷却されるように慎重に調整されています。一方で、超伝導コイルであるトロイダル磁場コイル、平衡磁場コイルそして中心ソレノイドの合計質量は約697トンであるため、-269℃（４K）まで温度を下げるには長い時間がかかります！ 6/27時点で、超伝導コイルは約-100℃（173 K )に達しました。
-193℃（80K）より上の温度では冷却用ヘリウムガス自体の冷却に液体窒素が使用されます。現在、液体窒素消費量は毎時約1400リットルであり、これは毎日トラックで5回供給する量ということになります。